Мир погружен в бесконечную войну между людьми и машинами. В этом мрачном будущем, где небо навсегда закрыто плотным слоем туч, последний оплот человечества, город-крепость Зион, отчаянно сражается за выживание. Однако среди людей ходят слухи о пророке, о том, кто способен положить конец войне. Этим человеком оказывается Нео, скромный программист, которого по ночам мучают тревожные видения и сомнения в реальности окружающего мира. Его жизнь кардинально меняется после встречи с таинственной Тринити и харизматичным Морфеусом. Они открывают ему шокирующую правду: всё, что он считал реальностью, на самом деле является сложной компьютерной программой — Матрицей, созданной машинами для порабощения человеческого разума и использования людей в качестве источника энергии. Нео стоит перед невероятно сложным выбором: принять горькую истину и присоединиться к борьбе или вернуться к комфортной, но иллюзорной жизни, которую он знал прежде. Морфеус предлагает Нео два знаковых пилюли, символизирующих окончательный выбор между знанием и неведением. Приняв красную пилюлю, Нео пробуждается в реальном мире — ледяном и пугающем, где его физическое тело существует в питательной жидкости среди бесчисленных таких же капсул. Он оказывается на борту корабля «Навуходоносор», где начинает постигать суть своей новой реальности и своих способностей. Морфеус непоколебимо верит, что Нео — это Избранный, мессия, предсказанный пророками, который обладает властью изменять Матрицу изнутри и положить конец войне. Их главной угрозой становятся Агенты — всемогущие программы-стражи, воплощенные в виде людей в черном, во главе с безжалостным Агентом Смитом. Путь Нео — это путь самопознания и принятия своей судьбы, проходящий через интенсивные тренировки в смоделированных реальностях, где он учится побеждать законы физики, и через смертельно опасные миссии внутри Матрицы. Кульминацией его становления становится эпическое противостояние с Агентом Смитом на заброшенной станции метро, где Нео должен сделать окончательный шаг от сомневающегося человека к тому, кто способен творить чудеса, и доказать себе и другим, что он и есть та самая надежда человечества.